L'histoire commence alors qu'une météorite vient de s'écraser sur la planète. Butz, un jeune aventurier alerté par l'énorme bruit produit par celle-ci, rencontre une jeune fille, Leena, acompagnée d'un vieillard amnesique. Ces derniers sont attaqués par des gobelins et Butz les sauve de justesse, avant de les escorter jusqu'a la ville de Tycoon, où ils se feront capturer par des pirates ! Heureusement, Faris, le chef des pirates, épargnera nos amis lorsqu'il se rendra compte que Leena possède un medaillon identique au sien, ce qui semble representer quelque chose d'important à ses yeux...

L'histoire de Final Fantasy V ne s'arrete pas là, et est très riche en rebondissement, ce qui est l'un des points forts de ce jeu. Le joueur va de coups de théatre en rebondissements, pouvant parfois paraitre un peu loufoques. On apprend, entre autre, que Faris est en fait une femme du nom de Sarisa, et qu'elle est la soeur de Lenna, que Galuf est en fait un extraterrestre dont la mission est de combattre l'entité diabolique ExDeath (Qui est en fait un arbre !!!) ... Beaucoup de révélations donc, ce qui rend les protagonistes encore plus charismatiques et attachants.

Dans ce volet, on peut noter l'apparition de Gilgamesh, "l'homme pieuvre" tenant une arme dans chacune de ses (nombreuses) mains. Il faudra attendre ensuite FF VIII pour le retrouver.